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ここで「イメージ＞モード＞RGBカラー」でRGBに変更します。本来は出力用データであればCMYKモードで作業するべきですが、ファイルの容量は増える、一部フィルタが使えないなどとありがたくない上に別に印刷屋さんに渡すデータでもないので、RGBでやります。というか家で出力するならプリンタドライバ任せで納得してしまいます。さすがEPSON。まあホントに完成してからCMYK変換してしまえば問題ありません……ということにしてます。
モード変更後は各パーツごとのレイヤーを作り、ベタベタとエンピツツールで塗り分けていきます。基本的には線画にそって塗りつぶす範囲を作り、ペイントツールで塗りつぶす、といった作業の繰り返しです。まあ神経質に塗り分ける必要はないです、後から修正するので。主線のはっきりしたペン画などの場合、自動選択ツールで選択範囲をとり「選択範囲＞選択範囲の変更＞格調」で2px、その後塗りつぶしといった方法でも大丈夫です。
ちなみに四角形のブラシはブラシパレットの「ブラシファイルの読み込み」でPhotoShopのフォルダの下に「Goodies(他のファイル)」フォルダがあり、その中に入ってます。他にも何種類かあるので、おもしろそうなら試してください。
で、ひそかにここでも線画部分を修正していたりしますが、モノクロの状態と、少しでも色を付けた状態ではかなり印象が変わります。線画の修正は簡単に色を付けてから行うほうがいいかもしれません。