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線画の修正が完了したら、チャンネルパレットで「ブラック(K)」をctrl(あるいはCommand)キーを押しながらクリックします。すると白の部分が選択されるので「選択範囲＞選択範囲を反転」を実行します。あとは新規レイヤー(名称：line)を作り黒100%で塗りつぶすと黒線だけのレイヤーが出来上がります。この段階で背景レイヤーは破棄します。
この作業は、線画のあるレイヤーの描画モードを「乗算」にしておけば普通は必要ありません。ただ線画を単純に「乗算」ではなく、軽く色付けした後に「ハードライト」等にするといろいろ問題が出てくるので、黒線のみの状態にしておくと何かと便利です。あと若干ファイル容量は少なくなります、ちょっとだけ。